Profesora/investigadora titular de la Universidad Autónoma de Chiapas. Su trabajo es especialmente conocido por sus investigaciones sobre la historia de las mujeres en Ciencias Sociales y en las Humanidades, particularmente, en la antropología, en Chiapas y Centroamérica, así como por sus trabajos sobre descolonización y despatriarcalización del conocimiento.

Marisa Ruiz Trejo realizó un Doctorado en Ciencias Antropológicas y en Estudios Latinoamericanos, en la Universidad Autónoma de Madrid. Fue investigadora visitante del Departamento de Antropología de la Universidad de Nueva York (2014 y 2019) y del Departamento de Estudios Étnicos de la Universidad de California, Berkeley (2012). Obtuvo una Maestría en Espacios, Sociedades y Culturas de las Américas, en 2008, por la Université de Toulouse-Le Mirail, Francia. Su educación se financió con varias becas. Entre 2016 a 2017, realizó un posdoctorado en el Centro de Investigaciones y Estudios de Género (CIEG), en la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM).

Fue coordinadora de la Maestría en Estudios de la Diversidad Cultural y Espacios Sociales en la Universidad Autónoma de Chiapas, en donde actualmente es docente, así como en la Maestría en Estudios Culturales.  Es integrante del Sistema Nacional de Investigadores e Investigadoras (SNII-Nivel 2).

Ha participado en la elaboración de peritajes histórico-antropológicos, particularmente en el caso Sepur Zarco, sobre racismo, genocidio, violencia sexual y esclavitud doméstica en contra de mujeres mayas q'eqchi' en Guatemala. En 2020, recibió el Premio "Desigualdades y violencias de género en América Latina y el Caribe", otorgado por CLACSO.

Además, en 2021, la Universidad de Columbia, Nueva York, Estados Unidos, le concedió el Premio Edmundo O'Gorman, otorgado a reconocidos investigadores y científicos mexicanos en instituciones de educación superior. El nombre de este premio honra a Edmundo O’Gorman (1906-1995), uno de los historiadores mexicanos más influyentes del siglo XX. 

En 2022, recibió el reconocimiento de la Beca Fulbright Comexus-García Robles otorgada por la Comisión México-Estados Unidos para el Intercambio Educativo y Cultural. Esta beca busca crear y fortalecer lazos entre Instituciones de Educación Superior e Investigación de México y Estados Unidos y fortalecer el trabajo conjunto en áreas de interés para los dos países, así como el entendimiento bilateral. Dicha beca servirá para dar continuidad a la investigación de la Dra. Ruiz Trejo y escribir un libro sobre la vida y el trabajo de diversas mujeres y su aportes a las Ciencias Sociales, en particular a la antropología en la región.

Recientemente, Marisa G. Ruiz Trejo publicó:

• El libro Antropologías feministas en México, en coordinación con Lina Rosa Berrio, Patricia Castañeda, Mary Goldsmith, Monserrat Salas y Laura Valladares (2020, UNAM, UAM-I y UAM-X);
• el libro Descolonizar y despatriarcalizar las Ciencias Sociales, la memoria y la vida en Chiapas, Centroamérica y el Caribe(2020), así como
• el libro Hacerse de un cuerpo pa we Uwach Ulew u b'iam América, en coordinación con Marco Chivalán Carrillo (2021, AVANCSO-Guatemala-UNACH). 

Marisa Ruiz Trejo es parte de la colectiva Pluriversidades Feministas, un espacio de aprendizajes, diálogos, reflexiones y creación colectiva, de organización, denuncia, lucha e intervención. También forma parte de Las del Fondo, un grupo independiente de antropólogas feministas de México.